文部科学省は、保護者と学校との間に十分な連携・協力関係が保たれているフリースクールへの通学を在籍校の出席としてカウントできるよう学校長・教育委員会に判断の裁量を委ねています。
（指導要録上の出席 ）
クラーク国際中等部は、在籍校やご家庭との連携システムが整っており、生徒・児童が在籍校で出席認定されるための支援を行っています。

目標の達成を教室担当がコーチングとリフレクション（振り返り）でサポートします。
コーチングでは、子どものやりたいこと（目標）を導き出し、目標達成のため方法を一緒に考えます。
リフレクション（振り返り）では、目標の進捗や成果を一緒に考え、問題点がないかなどを確かめます。

学習に行き詰った際には、教職員や大学生ボランティア、または高校生サポーターなどに質問することができます。

動画教材を利用

クラーク記念国際高等学校でも活用している動画教材を使い放題。
小学校範囲の復習から大学受験対策まで対応可能な教材となっています。自分が学びたい教科の映像授業を視聴しながら学習を進めることができます。
自分にあったレベルの内容を選択することができるので、自分のペースで学ぶことができます。

学習管理ツール（StudyLog ）を利用

勉強したことを記録できるツールを利用して学習の習慣化を目指します。StudyLogは上記の動画教材と連動しており、学習した内容は自動的に記録されます。どのくらい勉強したかをグラフとして可視化することができ、教室担任と共有されます。教室担当との面談などで利用できます。

オンライン自習室

自習風景を映しながら学習します。自習室にはクラーク記念国際高等学校の高校教員と高校生が待機しているので、わからないところは質問することができます。決まった時間に自習するので学習習慣を身につけることができます。
どのコースやプランでも提供されているオンライン授業を選択して受講することができます。

高校進学を全面的にバックアップ。子どもたちの将来の目標を明確にし、高校進学をサポートします。
受験に向けて、作文添削や面接練習なども行っています。

これからの時代を力強く生きていくために大切なスキル（21世紀型スキル学習）を学びます。
一つのテーマに向かって全員で活動しながら課題の達成を目指す授業（PBL授業）なども受講できます。